ЄСПЛ визнав, що право Ходорковського та Лебедєва на справедливий суд було порушено.

Європейський суд з прав людини визнав порушення низки положень статті 6 Європейської конвенції про захист прав людини і основоположних свобод, яка гарантує право на справедливий суд. Судді Європейського суду з прав людини дійшли висновку, що в процесі проти Ходорковського і Лебедєва загалом не було рівноправ’я між захистом підсудних і прокурорами. "Лише прокурори мали можливість обирати експертів, ставити їм запитання і замовляти експертні оцінки для суду, в той час як у захисту такого права не було" ЄСПЛ засудив тиск, який здійснювався на адвокатів Михайла Ходорковського, у тому числі обшуки в офісах. Судді Європейського суду з прав людини дійшли висновку, що оцінка російськими органами правосуддя збитків, що їх завдав концерн "Юкос" державі була здійснена "навмання" і не була належним чином обґрунтована фактами, зобов’язання засуджених виплатити державі компенсацію в 17 мільярдів рублів (510 мільйонів євро), -- безпідставним. "Ані російський податковий кодекс, ані цивільний кодекс не дають можливості перекладати податкові зобов’язання компаній на їхніх менеджерів". ЄСПЛ визнав необґрунтованим переведення Ходорковського і Лебедєва до колонії в Сибіру, що значно ускладнювало спілкування засуджених з рідними. Суд присудив виплатити Михайлу Ходорковському з російського бюджету компенсацію обсягом у 10 тисяч євро. Водночас, ЄСПЛ не визнав процес над Ходорковським і Лебедєвим політично вмотивованим.